某市城市规划区的东南部，按照批准的总体规划方案，有一块约60hm2的城市规划绿地。某科研单位与当地村委会签订协议，在规划绿地内（现为耕地）占用3hm2土地建设住宅，补偿费用1000万元。一年后建成多层住宅5栋，建筑面积25000m2。该科研单位在分房过程中，有职工向城市规划行政主管部门举报该科研单位领导搞违法建设，要求查处。经查处后，城市规划执法人员认为，该科研单位和村委会对农村集体土地进行变相买卖，违法侵占耕地，同时也未报城市规划行政主管部门审批，没有办理建设用地规划许可证和建设工程规划许可证，即强行占地、建设，属违法建设，且侵占规划绿地，严重影响城市规划，违法事实清楚，不用再找当事人掮査。于是，根据《城市规划法》第四十条规定，对违法建设作出予以没收的行政处罚决定，并经部门领导批准发出了行政处罚决定书。送达后，科研单位不服行政处罚，向人民法院提出诉讼，经法院审理，判决城市规划行政主管部门败诉。
城市规划行政主管部门败诉的原因是什么？城市规划行政主管部门应当如何正确处理此案？

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